Jurusan Pendidikan Bahasa Arab (PBA) merupakan salah satu jurusan di Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta yang keberadaannya sudah cukup lama. Jurusan Pendidikan Bahasa Arab pada mulanya adalah Jurusan Bahasa Arab pada Fakultas Tarbiyah yang ditetapkan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 15 Tahun 1961 tertanggal 5 Desember 1961 tentang Perubahan Penetapan Menteri Agama Nomor 43 TH. 1960 tentang Penyelenggaraan Institut Agama Islam Negeri. Pada tahun 2010 Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kemenag RI menerbitkan Surat Keputusan Nomor: Dj.I/39/2010 tentang Perpanjangan Ijin Penyelenggaraan Program Studi pada Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta Tahun 2010. Sejak tahun 2000 hingga sekarang Jurusan Pendidikan Bahasa Arab UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta terakreditasi dengan peringkat A pada empat periode akreditasi secara berturut-turut oleh Badan Akreditasi Nasional (BAN) Perguruan Tinggi. Berdasarkan hasil akreditasi terbaru, Jurusan Pendidikan Bahasa Arab UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta terakreditasi dengan peringkat A dan berlaku hingga tanggal 31 Oktober 2020 sebagaimana tertera dalam Surat Keputusan BAN PT No 1122/SK/BAN-PT/Akred/S/X/2015.

Perolehan peringkat A dalam akreditasi program studi selama empat periode akreditasi secara berturut-turut menunjukkan bahwa Jurusan Pendidikan Bahasa Arab FITK UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta memiliki kualitas yang sangat bagus. Kualitas tersebut dapat diraih berkat sumber daya manusia (SDM) yang berkualitas baik tenaga edukatif maupun administratif dan didukung dengan sarana dan prasarana yang memadai dalam menyelenggarakan pendidikan.