Visi Jurusan PBA adalah “Unggul dan terkemuka dalam Pendidikan Bahasa Arab yang berbasis pemaduan keislaman dan keilmuan pada tahun 2025”. Visi ini merupakan penjabaran lebih lanjut dari visi Universitas dan Fakultas. Visi UIN Sunan Kalijaga adalah “Menjadi pusat pencerahan dan transformasi Ipteks berbasis peradaban Islam”, sementara visi Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan adalah “Unggul dan terkemuka dalam pemaduan dan pengembangan pendidikan keislaman dan keilmuan bagi peradaban”.

Misi Jurusan PBA adalah:

1. Mengembangkan pendidikan dan pengajaran di bidang keguruan bahasa Arab secara profesional, kompetitif, dan integratif pada tahun 2025.
2. Meningkatkan penelitian dan pengembangan di bidang kependidikan dan keilmuan bahasa Arab pada tahun 2025.
3. Meningkatkan peran-serta program studi dalam pendidikan dan pengajaran bahasa Arab bagi masyarakat.
4. Meningkatkan kerjasama dengan berbagai pihak dalam melaksanakan tridarma perguruan tinggi terutama di bidang bahasa Arab.

Dikaitkan dengan Tridharma Perguruan Tinggi, poin 1 merupakan perwujudan dari dharma pendidikan, sebab mewujudkan tenaga kependidikan yang berkualitas dilakukan melalui pengembangan pendidikan dan pengajaran dalam bidang pendidikan Bahasa Arab. Poin 2 merupakan perwujudan dari dharma penelitian, sebab pengembangan pendidikan dalam bidang bahasa Arab tidak akan dapat dilakukan tanpa melalui penelitian secara intensif, komprehensif dan berkelanjutan seiring dengan tantangan dan perubahan zaman. Sementara itu, poin 3 dan 4 sesuai dengan dharma pengabdian pada masyarakat, sebab memberikan pendidikan dan pengajaran bahasa Arab kepada masyarakat serta menjalin kerjasama dengan berbagai pihak merupakan salah satu wujud pengabdian Jurusan PBA kepada masyarakat. Bentuk pengabdian ini tidak terlepas dari bidang pendidikan, sehingga kerjasama yang dilakukan terkait dengan lembaga pendidikan juga seperti sekolah, madrasah dan pesantren.